提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
菲律宾总统访华:打造更加紧密的中菲关系******
中国网1月5日讯(记者李智)新年伊始,中国迎来了一位远道而来的客人。1月4日,国家主席习近平在人民大会堂同来华进行国事访问的菲律宾总统费迪南德·马科斯举行会谈,这也是两国元首自去年11月泰国曼谷会见之后的再相聚。新加坡《联合早报》刊文指出,这是马科斯去年6月就任菲律宾总统以来的首次访华,也是中国在2023年接待的首位外国领导人。
习近平主席指出,中方始终把菲律宾放在周边外交优先方向,坚持从战略和全局高度看待中菲关系。马科斯表示,这是其首次对东盟以外国家进行国事访问,希望通过此访向世界证明,菲中关系十分良好也十分重要,双方都高度重视彼此关系,都致力于将菲中关系提升至新的高度。
俄罗斯卫星新闻通讯社网站报道称,马科斯在本次会晤中强调,中国是菲律宾最强劲的合作伙伴,没有什么能够阻挡菲中友谊的延续和发展。菲方坚持一个中国政策。菲方愿继续通过友好协商妥善处理海上问题,同中方重启油气开发磋商。感谢中方为菲律宾抗击疫情提供的宝贵帮助。期待疫情过后,更多中国民众赴菲旅游和学习,两国人民往来更加密切,为两国关系长远发展奠定更加坚实牢固的基础。
法国国际广播电台网站注意到两国元首还讨论了农业和医药等领域的合作,并签署了一系列基础设施、渔业、旅游和其他部门的合作协议。
马科斯访华前夕,菲华商联总会曾表示其成员也会加入马科斯访华团,“我们相信这次历史性的国事访问对菲律宾经济的增长潜力具有重大意义,因为中国是我们最重要的经济和贸易伙伴,是世界级的新兴经济大国,也是我们的邻居。”
中菲两国于1975年6月9日建交。建交以来,中菲关系总体发展顺利,各领域合作不断拓展。2018年11月,习近平主席对菲进行国事访问,两国领导人一致决定建立全面战略合作关系。2020年,中国对菲非金融类直接投资1.4亿美元。2021年,双边贸易额达820.5亿美元。中国是菲律宾第一大贸易伙伴、第一大进口来源地、第二大出口市场。
近来,随着中国疫情防控政策的调整,中外交流愈加频繁,也将拉动中国乃至世界的经济发展。菲律宾总统访华对中菲两国关系具有重大意义,两国将以2025年中菲建交50周年为契机,致力于打造更加紧密的政治、经济、科技和人文关系。
(文图:赵筱尘 巫邓炎)